近年来，我国市级政府门户网站有了明显的进步，涌现出了一批优秀网站，在理念和功能等方面都有了明显的改观，但与美国、英国、新加坡等国家的市级政府门户网站相比，还存在一定的差距。总的来说，我国市级政府门户网站建设存在如下几个方面的问题：
    (1)网站定位不合理
    有些城市政府门户网站的定位较为模糊。例如，有的地方将城市政府门户网站做成“新浪”、“搜狐”的翻版，发布大量与本地区无关的新闻，从商业网站上转载许多社会新闻、娱乐新闻，内容很不严肃；有些城市政府门户网站不符合“提高公共服务水平”的要求，把城市网站做成了政府机构的“宣传栏”，对市政府领导活动报道过多，为民服务方面做得很少。许多城市政府门户网站“以政府为中心”，而不是“以用户为中心”，即从政府自身的角度出发，按照政府机构设置提供服务项目，而不是从网站的使用对象角度发出，按照用户需求提供服务项目，方便用户迅速获取所需服务。市级政府门户网站定位不合理，不仅影响到市级政府门户网站的可持续发展性，而且影响到政府信息资源的开发利用。
    (2)网站内容不实用
    用户需求把握不好、针对性不强是我国政府门户网站的通病。许多市级政府门户网站内容凌乱，据统计，有超过90％的市级政府门户网站上的主要服务内容没有明确的用户指向。从网站内容来看，政务公开比网上服务做得好，但是由于绝大多数城市缺乏相关法规作为政务公开的依据，使得政务公开内容不够深入，公开的政务信息主要集中在机构设置、领导分工、人事任免、政策法规等基本的政务信息领域，对公众最需要了解的政府决策类信息和办事类信息远远不够。尽管已经有很大一部分政府信息已经公开，但政府内部的操作过程却往往是公众难以了解到的，市民的知情权有待进一步提高。
    (3)网站易用性差
    英国、德国、加拿大、美国、新加坡等全球知名的政府门户网站首页非常简洁，栏目设置的非常有条理，并整合了大量的服务内容，用户使用网站寻找内容非常方便。与此形成强烈对比的是，我国城市政府门户网站栏目设计普遍复杂，网站频道和栏目名称的定位模糊，栏目之间往往纵横交错，内容重叠现象突出。虽然网站首页的内容琳琅满目，甚至两三个页面也难以呈现出全部内容，但每个频道或栏目下面的实质性内容却少得可怜。网站信息和服务分类工作不够，社会公众往往还得靠自己去“翻找”信息。
    从国外政府网站的“一站式”服务模式来看，网站所有服务内容和功能都是以用户为中心进行设计和分类的；而我国政府网站的服务模式是，仍然以部门来分类服务项目，要办理多个事项就必须分别访问多个政府直属部门站点，这就增加了办事环节，影响了工作效率，也不便于公众充分了解政府网站的服务内容和信息。
    (4)网站互动性差
    能否提供双向式的互动服务是同时体现网站建设和应用水平高低的一项重要内容，好的交互式服务还能够在提交网上办公项目申请后，对办公状态和结果进行跟踪查询，但目前我国只有少数政府网站能够做到这一点。总的来看，我国城市政府门户网站整体上刚刚实现简单的单向交互，与双向交互和成熟的事务处理阶段尚有较长的距离。
    (5)网站缺乏灵活
    现有的政府门户网站往往从其建立或改版之日起，就以固定的模式运作至今，难以依照需要进行灵活机动的扩展和变化，尤其难以适应政府机构调整造成的变化，因而一旦遭遇较大的内容上的变化，往往整个网站需要重新的耗时耗费巨大的重新的规划建设。
    此外，还存在一些其他问题，例如我国城市政府门户网站已经基本实现了稳定的更新和反馈，但在其他服务中表现出反馈周期很长，甚至令人难以忍受；尽管多数城市政府门户网站已经认识到了电子政府的不同客户群，并具有了简单的用户分类机制，但其实际提供的个性化服务内容却并不见多；我国城市政府门户网站对于安全性的实现并没有给予充分的认识，难以为私人信息和操作过程提供足够的技术保障和法律支持；绝大多数城市政府门户网站仅仅具有单一的语言版本（中文），国际化程度很低；等等。